鲲鹏产业学院实行理事会领导下的院长负责制，理事会由政府、学校和鲲鹏生态企业共同组建，理事会对涉及鲲鹏产业学院建设发展的重大事项进行决策、咨询、协商、审议和监督。理事会下设教学指导委员会、质量评估委员会、校企合作委员会和产业研究委员会。